2018年即將過(guò)去,2018年12月20日,美國(guó)《科學(xué)》雜志評(píng)選出一年一度的十大科學(xué)突破(ScienceBreakthrough)技術(shù)。奪得2018年度頭號(hào)突破突破的是“單細(xì)胞基因活性分析技術(shù)”。一起來(lái)看看,點(diǎn)亮科學(xué)史的這些新里程碑:
斑馬魚胚胎細(xì)胞譜系
1.追蹤單細(xì)胞發(fā)育譜系
從希波克拉底時(shí)代開(kāi)始,生物學(xué)家就困惑于單細(xì)胞胚胎是如何發(fā)育成擁有多種器官和億萬(wàn)細(xì)胞的成體。現(xiàn)在,通過(guò)結(jié)合多種技術(shù),生物學(xué)家可在單細(xì)胞尺度上揭示各個(gè)基因何時(shí)啟動(dòng)并誘導(dǎo)細(xì)胞分化。首先,研究者從活體中分離出數(shù)千個(gè)完整細(xì)胞;之后,使用測(cè)序技術(shù)獲得各個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)情況;最后,利用計(jì)算機(jī)或細(xì)胞標(biāo)簽,重建這些細(xì)胞的時(shí)間與空間關(guān)系。這些技術(shù)能夠無(wú)比細(xì)致地為我們呈現(xiàn)生物體和器官是如何發(fā)育的。德國(guó)柏林馬克斯·德?tīng)柌紖慰耍∕axDelbrück)分子醫(yī)學(xué)中心的系統(tǒng)生物學(xué)家尼古勞斯.拉杰夫斯基(NikolausRajewsky)說(shuō),這項(xiàng)“三部曲”技術(shù)“將改變接下來(lái)十年的研究”。如今,世界各地的研究團(tuán)隊(duì)正在應(yīng)用這些技術(shù)研究人體細(xì)胞如何在發(fā)育過(guò)程中成熟,組織如何再生,以及細(xì)胞在疾病中發(fā)生哪些變化。
2.冰河時(shí)代的“沖擊”
墜落在格陵蘭島的隕石碎片,計(jì)算機(jī)模擬圖
2018年11月,科學(xué)家使用飛機(jī)雷達(dá)發(fā)現(xiàn)封存在千米厚的冰蓋下方一個(gè)31公里寬的隕石坑希亞瓦沙(Hiawatha)。希亞瓦沙火山口是地球上最大的25個(gè)隕石坑之一。雖然不像6600萬(wàn)年前在墨西哥滅絕恐龍的隕石希克蘇魯伯(Chicxulub)一樣具有災(zāi)難性,但希亞瓦沙可能對(duì)全球氣候產(chǎn)生了巨大的影響:它突然爆發(fā),融化的冰川水將會(huì)涌入北大西洋,可能會(huì)阻礙通往歐洲西北部的暖流,從而使溫度驟降。這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)可能為新仙女木事件(YoungerDryas),即在冰河世紀(jì)后的一次持續(xù)千年的降溫事件,提供了新的啟示。
3.古人類的混血兒
在俄羅斯丹尼索瓦谷的洞穴中發(fā)現(xiàn)的骨碎片
一塊來(lái)自生活在5萬(wàn)多年前女性的骨頭碎片,揭示了兩個(gè)已滅絕的人種之間的驚人聯(lián)系:在西伯利亞的一個(gè)洞穴中,研究者從發(fā)現(xiàn)的骨骼中提取古DNA,顯示該女性的母親是尼安德特人,而她的父親則是一丹尼索瓦人。此前,研究人員知道尼安德特人、丹尼索瓦人和現(xiàn)代人類,至少偶爾會(huì)在冰河時(shí)代的歐洲和亞洲進(jìn)行雜交,這一最新的發(fā)現(xiàn),是尼安德特人和丹尼索瓦人之間相遇的親密見(jiàn)證。
4.細(xì)胞如何對(duì)內(nèi)含物進(jìn)行管理
蛋白質(zhì)-RNA液滴
細(xì)胞內(nèi)的各組分是如何協(xié)調(diào)的,以至于能夠在正確的時(shí)間和地點(diǎn)行使功能?科學(xué)家逐漸意識(shí)到,這個(gè)問(wèn)題的關(guān)鍵是液滴(Liquiddroplet)。從2009年開(kāi)始,研究人員發(fā)現(xiàn)許多蛋白質(zhì)能夠分離或濃縮成離散的液滴,特別是當(dāng)細(xì)胞對(duì)壓力作出反應(yīng)時(shí)。此前的研究顯示,細(xì)胞核中的蛋白質(zhì)液滴能夠沉默特定的染色體區(qū)域。2018年,《科學(xué)》雜志的三篇論文指出了這種液相分離的更大作用:驅(qū)動(dòng)DNA轉(zhuǎn)錄為RNA的蛋白質(zhì),可濃縮成附著在DNA上的液滴,它們揭示了一項(xiàng)基本的生命活動(dòng)奧秘:基因的選擇性表達(dá)作用。當(dāng)相分離過(guò)程出現(xiàn)錯(cuò)誤時(shí),蛋白質(zhì)液滴可變成固化的凝膠,從而形成神經(jīng)退行性疾病(如肌萎縮側(cè)索硬化癥)中出現(xiàn)的各種聚集體。
5.法醫(yī)系譜學(xué)走向成熟
法醫(yī)系譜學(xué)使得罪犯落網(wǎng)
2018年4月,美國(guó)警方宣布他們逮捕了一名史上最撲朔迷離懸案的嫌疑人。金州殺人案(GoldenStateKiller)是上世紀(jì)七八十年代在加利福尼亞州發(fā)生的一系列強(qiáng)奸和謀殺事件。警方利用犯罪現(xiàn)場(chǎng)回收的DNA,通過(guò)公共家譜DNA數(shù)據(jù)庫(kù)鎖定了金州殺手的親屬。此后,警方利用這一策略破解了20余起其他懸案,開(kāi)辟了一個(gè)新的領(lǐng)域:法醫(yī)系譜學(xué)(Forensicgenealogy)。在金州殺人案中,當(dāng)局使用了一個(gè)公共的、簡(jiǎn)潔的在線DNA數(shù)據(jù)庫(kù):GEDMatch。它由德克薩斯州和佛羅里達(dá)州的兩個(gè)業(yè)余系譜學(xué)家運(yùn)行,任何人都可以提交DNA測(cè)試結(jié)果。調(diào)查人員將犯罪現(xiàn)場(chǎng)的DNA圖譜上傳到數(shù)據(jù)庫(kù)后,找到了嫌疑人的幾個(gè)遠(yuǎn)房親屬。于是他們與一位系譜學(xué)家合作,使用公共記錄建造大型家庭樹(shù),最終將證據(jù)指向了73歲的約瑟夫·詹姆斯·德安吉洛(JosephJamesDeAngelo)。他的年齡和位置與部分罪行相匹配,并且測(cè)序顯示犯罪現(xiàn)場(chǎng)DNA與德安吉洛的車門把手的DNA相匹配。有學(xué)者表示,大約有60%擁有歐洲血統(tǒng)的美國(guó)人在數(shù)據(jù)庫(kù)中有表親或血緣關(guān)系更近的親屬匹配。一旦數(shù)據(jù)庫(kù)擁有300萬(wàn)個(gè)用戶資料,即使他們從未測(cè)過(guò)DNA,就可用類似的方法找到超過(guò)90%的白人。
6.原始世界的分子窗口
含有膽固醇樣分子痕跡的狄更遜水母化石
2018年9月,來(lái)自澳大利亞國(guó)立大學(xué)的研究人員利用氣相色譜及質(zhì)譜等方法在震旦紀(jì)(又名埃迪卡拉紀(jì),距今6.35-5.41億年前)的狄更遜水母(Dickinsonia)化石中找到了膽固醇樣分子的痕跡,這是動(dòng)物生命的標(biāo)志,表明至少一部分震旦紀(jì)生物是地球上最早的動(dòng)物之一。10月,另一研究團(tuán)隊(duì)在來(lái)自6.6億到6.35億年前的巖石中發(fā)現(xiàn)了一種現(xiàn)今只有海綿制造的分子,這表明海綿這種形式的動(dòng)物可能比已有最古老的化石早進(jìn)化了一億年。
7.基因沉默藥物獲批上市
RNA干擾
一種基于RNA干擾(RNAi)技術(shù)讓基因沉默機(jī)制的藥物,2018年獲得了美國(guó)FDA批準(zhǔn)。早在20多年前,RNAi技術(shù)就已被發(fā)明,但RNA分子過(guò)于脆弱,且難以將它們引導(dǎo)到正確的組織中,因此難以轉(zhuǎn)化為藥物。直到2008年,總部位于馬薩諸塞州劍橋市的AlnylamPharmaceuticals公司提出了解決方案:一種脂質(zhì)納米顆粒,可保護(hù)基因沉默的RNA并將其運(yùn)送至肝臟。他們希望它可通過(guò)阻止因蛋白質(zhì)折疊錯(cuò)誤,來(lái)治療一種被稱為遺傳性轉(zhuǎn)甲狀腺素蛋白淀粉樣變性的罕見(jiàn)疾病,該蛋白質(zhì)的累積會(huì)導(dǎo)致心臟和神經(jīng)損傷。改進(jìn)后的配方在人體試驗(yàn)中起了作用,并成為靜脈注射藥物Onpattro,2018年贏得了美國(guó)和歐盟監(jiān)管機(jī)構(gòu)的批準(zhǔn),并以每年45萬(wàn)美元的定價(jià)進(jìn)入市場(chǎng)。
8.新技術(shù)數(shù)分鐘內(nèi)可確定分子結(jié)構(gòu)
用電鏡獲取微米級(jí)顆粒的分子結(jié)構(gòu)
2018年10月,兩個(gè)研究小組同時(shí)發(fā)表論文,揭示了在幾分鐘內(nèi)確定小有機(jī)化合物分子結(jié)構(gòu)的新方法。研究人員通過(guò)用電子束替換X射線來(lái)改進(jìn)衍射技術(shù),電子束瞄準(zhǔn)目標(biāo)生物大分子的片狀2D晶體堆疊而成的微小3D晶體。他們向旋轉(zhuǎn)臺(tái)上的微小3D晶體發(fā)射電子束,并跟蹤每次輕微旋轉(zhuǎn)時(shí)衍射圖案的變化情況。該技術(shù)可在幾分鐘內(nèi)產(chǎn)生來(lái)自微觀晶體的分子結(jié)構(gòu)。新技術(shù)非常適合用于繪制激素和潛在藥物等小分子結(jié)構(gòu),將對(duì)新藥的合成和發(fā)現(xiàn)、分子探針設(shè)計(jì),以及研究和追蹤疾病等領(lǐng)域產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。
9.遙遠(yuǎn)星系的信使
南極冰層下的探測(cè)器記錄了由中微子觸發(fā)的罕見(jiàn)閃光
近年來(lái),多信使天文學(xué)開(kāi)始使用稱為宇宙射線和引力波的高速粒子對(duì)宇宙進(jìn)行觀測(cè)。而今年,另一位“信使”加入了這個(gè)行列:中微子,一種微小、幾乎沒(méi)有質(zhì)量的粒子,非常難以觀測(cè)。為了捕獲這種系外粒子,研究人員在南極下方制造了一塊一立方公里的冰塊,用光探測(cè)器裝飾,以記錄由中微子引發(fā)的微弱閃光。這個(gè)巨大的探測(cè)器被稱為冰立方(Ice-Cube),之前已記錄了許多中微子。2017年9月22日,中微子與冰中的核相撞,光傳感器很好地確定了它來(lái)自的方向。2018年7月,研究人員報(bào)道,美國(guó)宇航局的費(fèi)米伽瑪射線太空望遠(yuǎn)鏡在檢測(cè)到中微子的幾天后,發(fā)現(xiàn)了一個(gè)非常明亮的耀變體。這是中微子望遠(yuǎn)鏡第一次檢測(cè)到中微子的星系外來(lái)源。
10.#MeToo大有作為
美國(guó)反性騷擾運(yùn)動(dòng)#MeToo
直到最近,科學(xué)中的性騷擾一直被低估并且在很大程度上被忽視。6月,美國(guó)國(guó)家科學(xué)院、工程和醫(yī)學(xué)院發(fā)布了一份關(guān)于科學(xué)、工程學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域女性性騷擾報(bào)告。報(bào)告表明,超過(guò)50%的女教職員工以及20%-50%的學(xué)生,曾遭受性騷擾,包括最普遍的形式——語(yǔ)言和非語(yǔ)言的性別歧視。2018年,一些機(jī)構(gòu)采取了行動(dòng)。9月,美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金會(huì)(NSF)表示,大學(xué)必須告知資助者在騷擾調(diào)查期間或被判犯有性騷擾罪,可能會(huì)得到來(lái)自NSF的“有針對(duì)性的嚴(yán)重后果”。同月,美國(guó)科學(xué)促進(jìn)會(huì)(AAAS)也通過(guò)了一項(xiàng)政策,根據(jù)該政策,AAAS研究員一旦被確認(rèn)是性騷擾者,將會(huì)剝奪這一終身榮譽(yù)。
“科學(xué)崩壞”事件之一——基因編輯嬰兒
“基因編輯嬰兒”事件被曝光后,引起國(guó)際社會(huì)強(qiáng)烈關(guān)注
除了年度突破,《科學(xué)》雜志還評(píng)選出2018年“科學(xué)崩壞”事件。
第一個(gè)損害科學(xué)的事件是全球氣候變暖,災(zāi)難性天氣頻發(fā),但遺憾的是,世界各國(guó)政策應(yīng)對(duì)不利,行動(dòng)遲緩。
第二個(gè),在面臨缺少資金、遭到當(dāng)局忽視的多年后,有著200年歷史的巴西自然博物館在今年9月焚毀,成為很多研究者的傷痛。
最后一個(gè)是基因編輯嬰兒事件。
《科學(xué)》雜志介紹,今年11月,賀建奎宣稱利用基因編輯技術(shù)讓一對(duì)夫婦生出能抵抗HIV病毒的雙胞胎女嬰。目前還不清楚這些修改是否真的能保護(hù)她們免受HIV病毒感染,也不清楚有什么潛在的好處值得他們冒這些風(fēng)險(xiǎn),因?yàn)檫€有其它已經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的預(yù)防HIV病毒感染的方法。這項(xiàng)試驗(yàn)不僅倫理審查有問(wèn)題,而且也隱藏在秘密之中進(jìn)行,只是在有計(jì)劃的公關(guān)失敗后,消息泄露而被外界熟知。此舉不僅打破了胚胎試驗(yàn)的國(guó)際共識(shí),也違反了中國(guó)的法規(guī)。正是由于這些原因,該事件被評(píng)為2018年年度“科學(xué)崩壞”事件。
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